L?application de la directive ERU pose encore problème, notamment pour les petites collectivités du fait du coût élevé des installations de traitement. De nombreux petits cours d'eau sont encore affectés par des rejets d'eaux usées insuffisamment traitées. Les phénomènes d'épuration naturelle dans nos rivières et dans des aménagements peu onéreux comme les zones de rejet végétalisées permettent d'améliorer la qualité de l'eau.
De nombreuses communes intègrent ces zones en sortie de leur traitement conventionnel pour améliorer la qualité de l'eau avant rejet dans la rivière. Les cours d'eau assimilent plus ou moins rapidement les pollutions résiduelles selon leurs caractéristiques locales. Il faudrait de ce fait privilégier certains faciès géomorphologiques pour favoriser la biodégradation. A ce jour, peu d'études permettent de quantifier et d'optimiser l'autoépuration.
Dans le cadre du projet EPEC (EPuration en Eau Courante), mené avec le pôle Hydreos et soutenu par l'ANR, les campagnes de mesure effectuées par IRH Ingénieurs Conseil permettent de quantifier les phénomènes d'autoépuration en fonction des caractéristiques locales (géométrie de seuils, hydro-morphologie, température, ensoleillement, ?.).
La perspective est une optimisation des solutions d'ingénierie écologique peu coûteuses pour les zones de rejet végétalisées et les petits ruisseaux. Le résultat attendu est une amélioration de la qualité des milieux dégradés et l'abaissement du coût de traitement en assainissement rural par l'optimisation des processus d'épuration naturelle en eau courante.
