Proteus propose des solutions innovantes utilisant des enzymes et des souches microbiennes pour dépolluer, détoxifier ou recycler des déchets. Les enzymes sont des catalyseurs naturels déjà largement utilisés pour améliorer les performances des détergents.
Parmi les exemples d'innovations récentes de Proteus : la biodégradation accélérée des alcanes chlorés, le nettoyage des graisses brûlées, le traitement de biomasse lignocellulosique pour la production d'éthanol 2G, et des procédés de transformation de matières premières végétales en produits à haute valeur ajoutée.