Le décret n°2011-1852 du 9 décembre 2011 désigne « l'agence de l'eau Loire-Bretagne comme responsable sur l'ensemble du territoire métropolitain de l'établissement du titre de recettes et du recouvrement de la redevance pour pollution des activités d'élevage ».
Depuis le 1er janvier 2012, en plus des usagers situés sur son bassin, l'agence de l'eau Loire-Bretagne prend en charge, la gestion et le traitement de la redevance élevage pour toutes les agences de l'eau au titre de l'année d'activité 2011 et des suivantes.
Au total, c'est un peu plus de 5 000 éleveurs, situés sur les bassins Seine-Normandie, Artois-Picardie, Rhin-Meuse, Adour-Garonne et Rhône-Méditerranée et Corse, qui sont concernés par cette nouvelle mesure. Un courrier d'information a été adressé mi-janvier aux usagers concernés afin de les informer de cette désignation.
Conformément à la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006, l'agence de l'eau Loire-Bretagne enverra à partir de la mi-février, le formulaire de déclaration de la redevance pour pollution des activités d'élevage au titre de l'année 2011 à l'ensemble des redevables potentiels.