Le digestat, constitué de matières organiques récalcitrantes qui ne sont pas dégradées par la digestion anaérobie (DA), de biomasse bactérienne et de matières inorganiques, est une source de matière humique et ligneuse, de nutriments et de minéraux qu'il est souhaitable de retourner au sol agricole, qu'il soit utilisé directement ou séparé en une partie liquide et solide. À certaines périodes de l'année, le digestat peut être utilisé directement dans l'agriculture ; dans la plupart des cas cependant, il doit être stabilisé, par exemple par traitement aérobie (compostage), avant d'être appliqué sur les champs. La valorisation des résidus de digestion anaérobie est parfois impossible pour diverses raisons (manque d'espace pour le compostage, difficulté d'écouler le compost pour cause de non-acceptabilité sociale ou de saturation du marché, réglementation inadéquate, incompatibilité avec les pratiques agricoles, horticoles ou sylvicoles, etc.). Ces excédents de digestat composté ou non, se retrouvent alors en site d'enfouissement sanitaire ou en incinérateurs.
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