La station d'épuration de Batna, mise en service en 2005, repose sur un procédé classique de boues activées, selon une filière de type contact-stabilisation comprenant une charge massique moyenne suite à une aération conventionnelle dans le but d'obtenir une bonne élimination de la DBO. Cette filière de traitement ne permet pas de traiter correctement la pollution azotée et phosphorée. La quasi-totalité des polluants qui s'écoulent dans l'Oued El Gourzi provient de sources urbaines acheminées vers la station d'épuration de Batna. Le procédé épuratoire a connu plusieurs dysfonctionnements causés par la présence de substances non domestiques, notamment des huiles industrielles. La valeur quotidienne moyenne de l'indice de Mohlman des boues activées est environ 200 mg/ml (> 150 mg/ml). Ces rejets non prévus sont à la base de la perturbation du processus épuratoire. Les autorités doivent prendre leurs responsabilités au regard du traitement des eaux usées, et doivent notamment développer un programme d'actions pour éliminer les substances toxiques de l'Oued El Gourzi en exigeant une séparation des rejets industriels des rejets urbains, en tenant compte du fait que ces eaux épurées qui s'écoulent le long de Oued El Gourzi sont utilisées pour l'irrigation des céréales dans les plaines d'El Maâdher et Chmora, ainsi que certaines cultures maraîchères dans la région de Fesdis, ce qui aggrave la situation.
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