La stratification thermique estivale est à l'origine d'une désoxygènation des couches profondes des plans d'eau. Cette anoxie participe à l'entretien du phénomène de l'eutrophisation en favorisant le relargage du phosphore stocké dans le sédiment. Plus particulièrement destinée aux lacs profonds, l'aération hypolimnique maintient une teneur minimale en oxygène dans l'hypolimnion, et de fait garantit un milieu oxydant à l'interface eau/sédiment. En conséquence, un tel procédé évite les relargages de fer et de manganèse dans le milieu, améliorant la qualité de l'eau brute prélevée par le traiteur d'eau. L'oxygénation étant localisée dans les couches profondes, la qualité chimique de l'eau est restaurée sans perturber l'écosystème.
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