La fosse septique est un réacteur anaérobie de prétraitement des effluents domestiques qui permet de décanter les matières solides et de méthaniser la matière organique. Une bonne conception de la fosse permet d'améliorer les performances aussi bien sur les rendements en MES que sur la conversion du carbone organique en CH4. On observe ainsi des rendements de l'ordre de 80 % sur les MES et de 50 % sur la DCO. Les taux d'accumulation des boues sont de l'ordre de 0,15 L/personne/jour après 4 ans de fonctionnement, et en fonction de la charge appliquée, les intervalles de vidange peuvent être très espacés. Le contrôle du système passe par la mesure du niveau des boues. Des appareils de mesures spécifiques ont été développés en ce sens.
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