Le biotope principal de la fosse toutes eaux : la boue avec ses deux sousbiotopes, la surface du voile de boue et le fond de la fosse, est examiné en hiver (température froide) au moyen de l'analyse biologique. La surface du voile de boue est un biotope microaérophile en relation d'échange avec l'eau de la fosse. Ce sous-biotope est peuplé d'une microfaune saprobe de Trepomonas agilis. Le fond de la fosse est anaérobie. La distribution des suspensions caractéristiques de la fosse, les fibres cellulosiques et les plaquettes protéiques (fibres musculaires) est étudiée et discutée. Les effectifs bactériens méthanogènes sont inactifs et rares en hiver. L'ATPmétrie confirme les données de l'analyse biologique en montrant les sites actifs biologiquement.
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