Parallèlement au contrôle des autorités sanitaires, il est de la responsabilité et de l'initiative du traiteur d'eau d'instaurer une démarche interne complète de suivi et de maintien de la qualité de l'eau en cours de distribution, démarche nécessaire et complémentaire des actions classiques d'amélioration du procédé de potabilisation. La Compagnie Générale des Eaux a mis en place une telle organisation interne et un autocontrôle bactériologique. Cet autocontrôle décentralisé consiste en l'implantation d'analyseurs capables d'effectuer un grand nombre d'analyses en parallèle et de déterminer rapidement les niveaux de contamination en Escherchia coli et coliformes totaux de la série d'échantillons qui leur est soumise. Ces automates d'analyse rapide des germes permettent chacun de couvrir une zone géographique particulière du réseau (soit plusieurs dizaines de points de mesure). Ils peuvent être exploités localement par du personnel polyvalent, dans un environnement courant (pas de nécessité d'un laboratoire spécialisé en bactériologie) et ne requièrent que très peu de manipulations pour assurer le bon fonctionnement. Ces appareils facilitent une prise de décision à l'échelle du réseau entier par la centralisation presque en temps réel des données (localisation, date du prélèvement, contamination éventuelle) vers les centres nerveux où sont habituellement centralisées les informations relatives à l'état hydraulique du réseau de distribution.
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