La digestion anaérobie permet de traiter les effluents agroalimentaires avec une très bonne efficacité. Les charges organiques sont très élevées (jusqu'à 40 kg de DCO/m3 de digesteur et par jour), les quantités de boues produites sont faibles (5 % de la DCO consommée) tout en produisant de l'énergie, via le biogaz, valorisable sur place. Ce sont des procédés bien adaptés à la problématique de traitement de la pollution en montagne notamment pour les fromageries. La coopérative laitière d'Entremont le vieux (Savoie) traite environ 8.000 litres de lait par jour et produit du fromage. Ce sont tous les effluents, lactosérum compris, représentant environ 34 m3/j et 650 kg DCO/j qui sont traités dans le digesteur anaérobie à boues granuleuses (U.A.S.B.) de 40 m3.
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