Au cours du 20ème siècle, trois nouvelles éruptions sont imputables au Santorin, la dernière remontant à 1950. En 1956, Santorin fut touchée par un tremblement de terre dévastateur, causé par un nouvel effondrement du chapeau du cratère. Cette éruption fit une cinquantaine de victimes et détruisit plus de 2.000 habitations. De nos jours, le volcan, encore très actif et toujours considéré comme dangereux, est étroitement surveillé pour tenter de prévoir de nouvelles éruptions volcaniques et séismes.