Conseillère régionale du centre de 1992 à 1998, députée de la 4ème circonscription d'Eure-et-Loir de 1997 à 2002, Marie-Hélène Aubert a été vice-présidente de l'Assemblée nationale de 2001 à 2002, membre de la Commission des Affaires Etrangères. En 2004, elle est élue au Parlement européen.
En 2012, elle rejoint le cabinet de l’Elysée lors de la présidence de François Hollande, en tant que conseillère pour les négociations internationales climat et environnement du président de la République. Elle a eu notamment en charge la préparation de la COP 21.
En mai 2016, elle est nommée inspectrice générale de l'administration.
