La mesure de l'ATP est un bon indicateur de contrôle en temps réel du niveau de la biomasse active dans l'eau analysée. Elle trouve de nombreuses applications en eaux propres comme en eaux usées : contrôle biologique des traitements dans les réacteurs, ajustement des concentrations en biocides, détermination de l'efficacité de désinfection des eaux potables, contrôle et suivi...