Veolia et l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) de Sophia-Antipolis - unité mixte de recherche entre le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et Université Côte d’Azur (UCA) - collaborent dans la traque des variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Les premiers résultats d’analyse obtenus par technologie de séquençage par nanopores ont mon-tré des résultats d’incidence du variant en ligne avec ceux de Santé Publique France, selon les-quelles 1 à 2 % de variants sont actuellement diagnostiqués parmi tous les cas de COVID-19 à l’échelle nationale.
Les premières analyses réalisées par l’IPMC pour détecter les variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées ont été réalisées au cours de la première quinzaine de janvier sur des échantillons prélevés dans 10 stations d’épuration des eaux usées (STEP) situées en zones urbaines et rurales et exploitées par Veolia partout en France: à Marquette, Maxeville, Angers, Louis Fargue, Montpellier, Givors, Pornic, Cergy, Sainte-Maxime, et à Nice. Après le prélèvement des eaux usées en entrée de station d’épuration et l’extraction de l’ARN du SARS-CoV-2 réalisés par Veolia, la technologie de séquençage par nanopores sur les eaux usées de l’IPMC permet l'obtention de résultats précis, fiables et livrés en moins de trois jours. L’IPMC décrypte ainsi l’ensemble du génome du virus et identifie les différentes mutations qui modifient sa séquence.
Les premières analyses révèlent la présence dans les eaux usées des principaux variants européens du SARS-CoV-2, sans détecter les variants britanniques, sud-africains et brésiliens, à la limite des 1% de détection fournie par l’approche. Ce résultat obtenu sur chacun des 10 sites est en accord avec le faible taux d’incidence actuellement connu pour ces variants en France.
Le traçage par Veolia et l’IPMC de la présence des variants du virus SARS-CoV-2 dans les stations d’épuration est une approche expérimentale novatrice. Elle fournit un outil très complémentaire aux tests cliniques individuels. Un tel traçage permettrait d’établir facilement à l’échelle de tout l’hexagone une cartographie précise et à moindre coût de la circulation des différentes mutations du SARS-CoV-2. Veolia et l’IPMC contribuent ainsi à développer un nouvel indicateur de prévalence de mutations et de circulation des variants de SARS-CoV-2, un outil indispensable à la lutte contre la propagation de l’épidémie et la présence de mutations à risque. Appliqué à différentes échelles, allant du quartier jusqu’à une métropole ou une région, celui-ci pourrait ainsi permettre aux collectivités de compléter les outils sanitaires de diagnostic individuel, par exemple pour orienter les stratégies locales de dépistage vers les zones où certains variants seraient identifiés.
Veolia complète ainsi l’étendue de son offre à destination des collectivités en proposant désormais d’identifier les différents variants. Depuis le début de la pandémie, Veolia accompagne les collectivités avec son offre Vigie Covid-19 qui permet la détection par méthode RT-qPCR du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Celle-ci repose sur une approche d’épidémiologie des eaux usées, préconisée par l'Académie de Médecine, l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et la Société Française de Micro-biologie. C‘est aussi l’objet du réseau du Projet de l’Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (OBEPINE) dont fait partie Veolia.
L’IPMC dispose d’une expertise reconnue dans le domaine du séquençage des ARN, de l'analyse bio-informatique et biostatistique, ainsi que dans l’analyse du SARS-CoV-2 dans les eaux usées depuis le premier confinement en France. L’IPMC met également en place depuis septembre 2020 un protocole de séquençage du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et réalise, notamment en collaboration avec les services de l’assainissement de Nice Métropole, une cartographie fine de tous les variants circulant à l’intérieur de la ville, par quartiers. « L’équipe dirigée par le docteur Pascal Barbry est reconnue pour son excellence scientifique, notamment dans le domaine du séquençage des ARN et a acquis une solide expérience dans l’analyse du SARS-CoV-2. En étant partenaires, nous pouvons déployer cette approche à l’échelle nationale et proposer à nos clients collectivités un outil d’aide à la décision supplémentaire dans l’anticipation de stratégies sanitaires efficientes, de façon à compléter l’arsenal sanitaire dont elles disposent déjà. Veolia veut poursuivre les travaux de recherche sur la génomique des virus dans les eaux usées, pour établir la cohérence entre ce qui se retrouve dans les stations d’épuration et la circulation du virus dans les populations. Afin de pouvoir, une nouvelle fois, mieux accompagner les collectivités et les citoyens », affirme Philippe Sébérac, directeur scientifique et technologique de Veolia. « Nous avons testé cette technologie de séquençage par nanopores sur des eaux usées depuis le mois de septembre avec les équipes de la ville de Nice. Nos analyses nous permettent de construire la carte d’identité du virus et d'identifier la présence de mutations dans certaines zones. C’est un outil d’alerte puissant et très réactif s’il est fait à bonne échelle et à fréquence régulière », résume Pascal Barbry, directeur de recherche au CNRS.
