Depuis février 2021, Veolia propose aux collectivités une nouvelle version de son offre de détection du Sars-CoV-2 dans les eaux usées. Baptisée VIGIE COVID Plus, cette solution permet en quelques jours de repérer et quantifier les différents variants actuels du virus, elle sera adaptée à ceux qui émergeront inévitablement. Donnée précieuse pour le suivi épidémiologique local.
Depuis plusieurs mois, Veolia a établi un travail de veille continue en collaboration avec l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) de Sophia-Antipolis (voir EIN 439). Cette unité de recherche (CNRS - Université Côte d’Azur laboratoire du professeur Barbry) jouit d'une renommée mondiale en matière de virus respiratoires. L'IPCM séquence l'ARN viral présent dans des eaux usées que Veolia prélève toutes les semaines à l'entrée d'une dizaine de STEP réparties sur le territoire. Il s'agit de suivre l'évolution de cet ARN et repérer l'apparition de séquences mutées révélant l'émergence de nouveaux variants du virus.
C'est sur la base de cette veille que Veolia peut désormais proposer son nouveau service aux collectivités. Un véritable "écosystème" scientifique a été mis en place à cet effet. Veolia s'occupe du prélèvement des échantillons dans la STEP de la collectivité cliente, ainsi que de leur acheminement. Première halte: le laboratoire nîmois Phytocontrol qui procède à l'extraction de l'ARN viral. “Les eaux usées sont des matrices particulièrement complexes comportant toutes sortes de microorganismes, de MES, de colloïdes, etc. Phytocontrol a l'habitude de travailler avec ce genre de matrices” explique Stanislas Pouradier Duteil, directeur technique chez Veolia Eau France. Les extraits viraux purifiés sont alors dirigés chez IAGE. Cette start-up montpelliéraine a en effet développé et breveté une méthode de PCR digitale, 10 à 50 fois plus sensible que la TRqPCR classique, permettant non seulement de repérer la présence des différents variants du virus dans les échantillons mais aussi de quantifier leurs proportions respectives. "Ils font du dosage à échelle industrielle et sont extrêmement agiles et rapides" affirme Stanislas Pouradier Duteil. IAGE utilise les séquences transmises par l'IPMC pour construire des amorces de PCR dès l'apparition de nouveaux variants. Après ce dosage, Veolia récupère les données et les contextualise avant de les remettre à la collectivité, qui les partagera avec les autorités sanitaires. Il faut en effet prendre en compte, entre autres, la pluviométrie locale ou les variations de charge de la STEP pour mettre ces informations en perspective et en suivre l’évolution.
L'Observatoire épidémiologique dans les eaux usées, Obepine, avec lequel Veolia collabore dans un autre cadre, suit environ 150 STEP en France. “Cela n'aurait bien sûr pas de sens de faire des doublons avec Obepine, mais notre pays compte environ 23 000 STEP... Vigie Covid Plus s'adresse donc aux collectivités non suivies par Obepine et qui souhaitent néanmoins disposer rapidement d'un indicateur de la circulation du virus et de ses variants dans leur bassin de vie”, souligne Stanislas Pouradier Duteil.
Patrick Philipon
